Danışan Geçmişi: Semptomlar ve sorunların kaynağı olan anılar ve gelecekle ilgili hedefler belirlenir ve tedavi planı oluşturulur.
Hazırlık: Danışan bilgilendirilir, işlemlemeye hazır hale getirilir.
Değerlendirme: , danışanın hedef anıyı temsil eden resmi, bu resimle ilgili bugünkü negatif inancını ve duygularını, bedenindeki hislerini ve yerini ve arzuladığı pozitif inancını belirlemesine yardımcı olur.
: Bu aşamaya danışanın anıyı temsil etmek üzere seçtiği resme odaklanması, negatif inancını düşünmesi, negatif duygularını yaşaması ve tüm bunların bedeninde yarattığı değişimi hissetmesi ile başlanır. Ardından danışan zihnini serbest bırakır. İçeriğini veya nereye doğru gittiğini kontrol etmeden zihninden geçen herşeyin farkına varır.

Danışan işlemleme sırasında terapistin iki yöne hareket ettirdiği parmağını gözleriyle takip eder. Danışanının zihninden geçenlere ve göz hareketlerine aynı anda dikkatini vermesinin, beynin sağ ve sol yarımküresini ilişkiye geçirdiği düşünülmektedir.

Beyin, yaşantılardan gelen bilgiyi (Hızlı Göz Hareketli Uyku) sırasında işler. EMDR’de uygulanan çift yönlü göz hareketlerinin benzer bir  fizyolojik etkiyi, uyanıkken sağlayabildiği öngörülmektedir. Aynı zamanda, çift yönlü işitsel uyarım, çift yönlü dokunma gibi farklı uyarımlardan da yararlanılmaktadır.

Terapist her setten sonra, danışana zihninden geçenleri sorar, işlemlemeyi kontrol eder  ve tüm süreçte danışana rehberlik eder. Anı ve danışanın kendisi ile ilgili pozitif düşünce ve inançları (örn: Elimden gelen herşeyi yaptım) arasında bağlantı kuruluncaya ve anı daha az rahatsızlık verir hale gelinceye kadar işleme sürdürülür.

Yerleştirme: Danışanın pozitif inancını pekiştirmek amacıyla setler uygulanır.

: Danışanın bedenini taraması ve rahatsızlık veren bir duyum varsa işlenmesi sağlanır.

Kapanış: Terapist danışana geribildirimde bulunur, gerektiğinde rahatlatacak bazı teknikleri uygular, seanstan sonra neler olabileceğini anlatır. Psikolojik tepkileri hakkında kısa notlar almasını ister.

Yeniden Değerlendirme: Bir önceki seansın değerlendirilmesi yapılır. Terapist önceki seansta ulaşılmış pozitif sonuçların yerleşip yerleşmediğini kontrol eder. Ayrıca danışandan gelen yeni verileri değerlendirir. Bu değerlendirmeler sonucunda işlemleme süreci devam eder veya diğer anılarla çalışılmaya başlanır.

İşlenmemiş, geçmiş ve yakın zaman anı veya anıların işlenmesi tamamlandığında bugünkü rahatsızlık veren semptomlar da büyük ölçüde kaybolur. Yine de her bir semptom tekrar taranır ve gerekirse işlenir. Böylece protokolün Geçmiş ve Bugün aşamaları tamamlanır ve Gelecek aşamasına gelinir.

Terapist danışandan daha önce belirlenmiş, işlevsel olmayan tepkileri harekete geçiren her bir güncel tetikleyici durum için arzu ettiği davranışları belirtmesini ister. Terapist ve danışan beraber arzu edilen davranışların sergilendiği senaryolar hazırlar. Danışan bu senaryoları adım adım hayalinde yaşar ve rahatsızlık veren noktalarla karşılaşılırsa işlenir. Gerekirse danışana yeni bilgi ve beceriler kazandırılır. Böylece danışanlar daha önce sorun yaşadıkları durumlarla başetmeye hazır hale gelirler.